Wyspa została odkryta 21 maja 1502 przez portugalskiego żeglarza Joao da Nova. Nazwał ją imieniem św. Heleny, matki Konstantyna Wielkiego, której święto wypadało tego dnia.
Do 1673 prawie połowę mieszkańców stanowili importowani niewolnicy, ale między 1826 a 1836 wszyscy oni zostali uwolnieni. Wyspa była w okresie od 18 października 1815 do 5 maja 1821 miejscem zesłania, a w końcu i śmierci cesarza Napoleona Bonapartego. Od połowy XIX w. zajęta i zasiedlona przez Kompanię Wschodnioindyjską stała się brytyjską kolonią.