Oficjalnie powstało 3 maja 1815 roku. W jego obszarze znalazło się miasto Kraków i jego okolice (1164 km²). W 1815 roku zamieszkiwało około 88 tys. mieszkańców. W 1818 roku Wolne Miasto Kraków otrzymało konstytucję. Początkowo posiadało dużą autonomię. Konstytucja gwarantowała istnienie sprawującego władzę ustawodawczą Zgromadzenia Reprezentantów i Senatu Rządzącego będącego władzą wykonawczą oraz prawo do wolnego handlu z trzema zaborcami. Uniwersytet Jagielloński mógł przyjmować słuchaczy z zaboru pruskiego, rosyjskiego i austriackiego. Na terytorium Wolnego Miasta obowiązywał kodeks cywilny Napoleona, francuski kodeks handlowy oraz francuska procedura cywilna i karna. Obszar Krakowa został uznany za obszar otwarty bez cła dla importu.
W okresie powstania listopadowego 1830-1831 Wolne Miasto Kraków było centrum przemytu broni dla Królestwa Polskiego. Po jego upadku zaborcy znacznie ograniczyli jego autonomię. W latach 1836-1841 pozostawało pod okupacją austriacką.
Kres istnienia przyniosła Wolnemu Miastu klęska powstania krakowskiego w 1846 roku. Po jego wybuchu do Krakowa wkroczyły wojska zaborców. 16 listopada 1846 roku Austria dokonała aneksji obszaru Wolnego Miasta Krakowa.