Syn Jana, kanclerza wielkiego koronnego. Poseł na sejm konwokacyjny 1764, gdzie domagał się dokładniejszego określenia zakresu władzy hetmańskiej i ograniczenia liberum veto. W 1774 został marszałkiem Trybunału Koronnego, któremu przywrócił dawną sprawność i uczciwość, pozyskując u współczesnych miano Arystydesa polskiego. W latach 1776-1780 konsyliarz Rady Nieustającej. Poseł sandomierski na Sejm Czteroletni, wybrany jego marszałkiem, przeprowadził zawiązanie Sejmu w konfederację i został marszałkiem konfederacji koronnej. Należąc do Stronnictwa Patriotycznego był wraz z Ignacym Potockim i Kołłątajem jednym z głównych twórców Konstytucji 3 maja. W jego pałacu na Krakowskim Przedmieściu (późniejszy Pałac Raczyńskich) na tajnych zebraniach redagowano tekst tej ustawy, on też przeprowadził jej uchwalenie na sesji sejmowej 3 maja 1791.
Małachowski popierał dążenia miast do rozszerzenia ich praw politycznych i był zwolennikiem współpracy szlachty z mieszczaństwem. Jako jeden z pierwszych ze swego stanu wpisał się do księgi miejskiej jako obywatel miasta Warszawy (29 kwietnia 1791). W swych dobrach ostrogskich na Podolu oczynszował chłopów (1791), spisał powinności, zwolnił ich od niektórych ciężarów, zaczął organizować opiekę lekarską dla włościan. Po przystąpieniu króla do Targowicy 25 lipca 1792 wystąpił z manifestem potępiającym akt konfederacji i stwierdzającym iż "sejm nadal trwa, a będzie zwołany, jak tylko okoliczności na to pozwolą", po czym udał się do Wiednia, a potem Włoch. Odmówił udziału w insurekcji kościuszkowskiej, obawiając się jej radykalizmu. W 1796 powrócił do swych dóbr na Kielecczyźnie, które znalazły się w wyniku III rozbioru w Galicji. W 1798 został aresztowany przez władze austriackie w związku z projektowanym na emigracji (1797) reaktywowaniem Sejmu Czteroletniego, więziony przez 8 miesięcy w Krakowie.
W grudniu 1806 został wezwany przez Napoleona do Warszawy, gdzie 14 stycznia 1807 został prezesem Komisji Rządzącej. W październiku 1807 król Fryderyk August III mianował go prezesem Rady Ministrów Księstwa Warszawskiego. "Był to wybór nieodpowiedni [1] Małachowski był człowiekiem poprzedniej generacji, [2] nie miał zrozumienia dla potrzeb scentralizowanego i biurokratycznego państwa napoleońskiego" (Andrzej Zahorski). Jako prezes Rady, Małachowski był zwolennikiem reaktywowania w Księstwie Konstytucji 3 maja i przeciwnikiem wprowadzenia Kodeksu Napoleona oraz innych projektów ministra sprawiedliwości, Feliksa Łubieńskiego. Gdy król opowiedział się przeciwko jego pomysłom, w grudniu 1807 złożył dymisję. Otrzymał nominację na honorowe stanowisko prezesa senatu. W tej też roli w marcu 1809 otwierał pierwszy sejm Księstwa, na którym wystąpił z atakiem na Kodeks Napoleona, nie uzyskał jednak szerszego poparcia. Zmarł w tym samym roku. Pochowany w warszawskim kościele św. Krzyża.
Jego braćmi byli Mikołaj Małachowski, Antoni Małachowski i Jacek Małachowski.