W XIII w. została podbita przez zakon krzyżacki, a w następnych stuleciach uległa przekształceniom etnicznym: mieszkańcy stali się Niemcami, Polakami i Litwinami. Język pruski przetrwał najdłużej w Sambii.
Prusy dzieliły dzieje państwa zakonnego: w 1466 (pokój toruński) część zachodnią (Warmia i północne Powiśle) wcielono do Korony, a reszta (Prusy Zakonne, od 1525 Prusy Książęce) stała się jej lennem. W 1701 Fryderyk I uzyskał tytuł króla Prus. W 1772 całość weszła w skład monarchii Hohenzollernów (prowincja Prusy Wschodnie). W 1923 Kłajpeda została przyłączona do Litwy, a w 1945 pozostałą część podzielono między Polskę a Rosję (wówczas republikę ZSRR).
Obecnie znajduje się w granicach 3 państw: Polski (w województwach: warmińsko-mazurskim i pomorskim – 1 600 000 mieszk., 24 000 km²), Rosji jako obwód kaliningradzki (900 000 mieszk., 15 000 km²) oraz Litwy (200 000 mieszk., 2000 km²).