Po europejskiej wojnie trzydziestoletniej Szwecja usadowiła się mocno na południowych wybrzeżach Bałtyku, miała wielkie bezczynne armie i puste kasy królewskie. Sprawą zasadniczą dla Szwedów stało się więc uruchomienie tychże armii, celem zdobycia łupów na żołd dla nich. Takim łatwym łupem wydawała się być Rzeczpospolita, wyczerpana po wojnach z Kozakami Chmielnickiego i Rosją. Poza tym Szwedzi kontrolowali handel na prawie całych wybrzeżach Bałtyku, prócz Pomorza, więc jego zdobycie pozwoliłoby Szwedom na rozszerzenie wpływów z handlu. W takich okolicznościach Hieronim Radziejowski, niegdyś potężny magnat w Polsce, później skazany na śmierć i wydziedziczony, udał się do króla szwedzkiego Karola X Gustawa, by namówić go do napaści na Polskę.
Faktycznie w 1655 r. wojska szwedzkie wkroczyły do Rzeczypospolitej. Była to jakby kontynuacja wojny, jaką ze Szwedami prowadził w Kurlandii Zygmunt III Waza, a później także Władysław IV, gdyż nie skończyła się ona traktatem pokojowym, a tylko rozejmem. Wobec beznadziejnej sytuacji militarnej, poszczególne województwa, miasta i oddziały wojska, niechętne zresztą własnemu królowi, poddawały się Szwedom bez walk. Zaś 20 października 1655 r. w Kiejdanach książę Janusz Radziwiłł zerwał unię Litwy z Koroną i podpisał pakt, wiążący Wielkie Księstwo Litewskie ze Szwecją, za co król szwedzki zobowiązywał się odzyskać dla Litwy ziemie stracone przez nią w wojnie z Rosją.
Król Polski Jan II Kazimierz opuścił Warszawę w sierpniu 1655 r. i udał się do Krakowa, a potem uciekł na Śląsk. Jednak na wiosnę 1656 r. powrócił, by na czele konfederacji tyszowieckiej walczyć ze Szwedami. We Lwowie poczynił symboliczne śluby, obiecując między innymi poprawę losu chłopów. Następnie by uzyskać przychylność Brandenburgii zwolnił ją z zależności lennej.
Panowanie Szwedów w Koronie od razu przybrało postać krwawej okupacji i masowych grabieży. Przyczyniło się to do buntów chłopstwa oraz do rozprzestrzenienia się walk partyzanckich, które rozpraszały i osłabiały siły szwedzkie. Wojnę partyzancką prowadziły też regularne chorągwie polsko-litewskie, wspomagane przez sprzymierzonych Tatarów. Głównymi siłami koronnymi dowodził kasztelan kijowski Stefan Czarniecki, wielokrotnie zmuszając wojska Karola Gustawa do odwrotu. Szwedzi nigdy nie zdobyli Podhala, Gdańska, Lwowa, Zamościa, klasztoru na Jasnej Górze w Częstochowie oraz całych połaci kraju na wschodnich rubieżach Korony i Litwy.
W 1657 r. po stronie Szwecji udział w wojnie wziął książę Siedmiogrodu Jerzy II Rakoczy, którego wojska, wspomagane przez Kozaków, wsławiły się wielkimi okrucieństwami. Osaczony na Podolu przez Czarnieckiego i Tatarów stracił swą armię, w znacznej części zagarniętej w jasyr tatarski, i wrócił w niesławie do Siedmiogrodu. Gdy do wojny ze Szwecją przystąpiły też Dania i Brandenburgia, Czarniecki przeprawił się przez morze i walczył ze Szwedami na terenie Danii.
Pokój ze Szwecją zawarty został 3 maja 1660 r. w Oliwie. Wojna i okupacja prawie całego kraju przez potop wojsk szwedzkich, spowodowały w Rzeczypospolitej ogromne zniszczenia materialne, wielkie straty dóbr kulturalnych, zagrabionych przez okupanta, także znaczne straty ludnościowe na skutek działań wojennych i zarazy, wreszcie utratę Inflant i zwierzchnictwa nad Prusami Książęcymi.
Ważnym elementem w walce ze Szwedami była obrona Jasnej Góry prowadzona przez ks. Augustyna Kordeckiego w 1656 roku. Szwedom nie udało się zdobyć tego klasztoru, co znacznie powiększyło nadzieje Polaków, odtąd Maryję nazywano Królową Polski.
Wydarzenia historyczne potopu szwedzkiego polski powieściopisarz Henryk Sienkiewicz opisał w części Trylogii zatytułowanej Potop.