Firma Microsoft zaprzestała oficjalnie rozwoju MS-DOS jako samodzielnego systemu. Ostatnia samodzielna wersja nosi numer 6.22. Obecnie MS-DOS (oznaczony jako 7, 7.1 i 8) jest bazą, na której są zbudowane systemy Windows 9x/Millenium, stanowiąc ich integralną część i nie jest sprzedawany oddzielnie.
Microsoft, razem z wydaniem systemu Microsoft Windows NT w roku 1993, zrezygnował z używania MS-DOS jako podstawy swoich systemów operacyjnych. Usunięcie systemu MS-DOS z Microsoft Windows było trudne, szczególnie w wersjach tego systemu przeznaczonych dla użytkowników końcowych, gdyż wiele istniejących programów (szczególnie gier), było zaprojektowanych wyłącznie dla MS-DOS. Dlatego, MS-DOS był usuwany z Microsoft Windows stopniowo i wyjątkowo wolno. W Windows Millenium, system MS-DOS został ukryty przed użytkownikiem - nie istniała możliwość uruchomienia samego MS-DOS dostarczanego z systemem, tak jak to było możliwe we wcześniejszych wersjach. Zwieńczeniem planu usunięcia systemu MS-DOS z wersji Microsoft Windows dla użytkowników końcowych było wydanie Microsoft Windows XP Home Edition, w którym MS-DOS został całkowicie usunięty.