Od fonetyki odróżnia ją podejście do dźwięków: fonologia bada je jako system, fonetyka bada ich właściwości fizyczne. Bodaj najbardziej znanym porównaniem to obrazującym jest iż fonetyka ma się tak do fonologii jak numizmatyka do nauki o finansach.
Inaczej można ją zdefiniować, jako 'naukę o fonemach', tj. o najmniejszych jednostkach systemu języka, nieposiadajacych znaczenia, ale mogących zmieniać znaczenie wyrazów.