Diecezja chełmińska została utworzona w 1243 roku. Biskupi chełmińscy początkowo rezydowali w
Chełmży. Nazwa diecezji nie pochodzi jednak od Chełmży (przym. chełmżyński), ale od
Chełmna i
ziemi chełmińskiej.
W latach 1257-1773 siedzibą biskupów był zamek w
Lubawie.
Początki diecezji sięgają 1216 roku, kiedy
papież Innocenty III mianował biskupa misyjnego Chrystiana, którego póżniej nazwano biskupem
Prus. W 1222 r.
Konrad I Mazowiecki - książę mazowiecki podarował mu ziemię chełmińską, a biskup płocki Gedko - nadał prawa biskupie. Jednak aż do 1243 trwał spór pomiędzy Watykanem a Chrystianem o podział
diecezji w Prusach, zakończony ostatecznym wytyczeniem granic i utworzeniem dicezji chełmińskiej.
Pierwszym polskim biskupem chełmińskim zosał
dominikanin Henryk. Dicezja wchodziła w skład
archidiecezji w
Rydze, co przez 300 lat było kolejnym powodem do zatargów. W 1505 król
Aleksander Jagiellończyk proponował wcielenie diecezji do projektowanej
archidiecezji warmińskiej. W 1566 nastąpiła
sekularyzacja Rygi i odtąd biskup chełmiński samowolnie brał udział w synodach metropolii gnieźnieńskiej. Odtąd do 1763 roku biskupi chełmińscy używali także tytułu biskupów pomezańskich (podobnie jak warmińscy używali tytułu biskupów sambijskich).
Ostateczne przyłączenie do
Gniezna nastąpiło dopiero w 1821 r., kiedy
papież Pius VII bullą De salute animarum z 16 lipca podzielił dawną
diecezję pomezańską pomiędzy diecezje warmińską i chełmińską oraz przeniósł jej stolicę do
Pelplina.
Bullą
Totus tuus Poloniae populus z 25 marca 1992 r.
Jan Paweł II zreorganizował administrację Kościoła w Polsce. Utworzono wówczas metropolię gdańską oraz diecezje pelplińską i toruńską, a zlikwidowano diecezję chełmińską.
Chełmińska
kapituła katedralna powstała w 1251 roku.
Kolegiata została powołana 1519 r. przy kościele Wniebowzięcia NMP w Chełmnie, ale decyzja nie została zrealizowana. Od około 1821 do 1832 istniała kolegiata w Kamieniu Krajeńskim przy kościele NMP i św. Apostołów Piotra i Pawła. Ponownie została erygowana w 1964 roku.
Druga kolegiata jest od 1960 r. w Chełmży w dawnej katedrze Trójcy Przenajświętszej.