Po drugiej wojnie światowej miasto było stolicą RFN, aż do przeniesienia stolicy do Berlina w latach 90. XX wieku. Obecnie (2004) w dalszym ciągu znajdują się tam liczne instytucje centralne.
Miasto powstało jeszcze jako fort założony przez legionistów rzymskich.
W Bonn w 1770 roku urodził się Ludwig van Beethoven.
W 1815 roku kontrolę nad miastem przejęły Prusy.