Urodził się w koło Stanisławowa w zachodniej Ukrainie, edukację odbył w Gimnazjum Nowodworskiego w Krakowie, które ukończył w 1936 roku. Rozpoczął studia medyczne na Uniwersytecie Jagiellońskim, ale przerwała je wojna. Jako ochotnik uczestniczył w Kampanii wrześniowej, a następnie został internowany na Węgrzech, skąd uciekł, przedostając się do Francji. Po przeprawie przez Pireneje do Hiszpanii, został schwytany przez władze faszystowskie i uwięziony w obozie koncentracyjnym Miranda del Ebro. Po uwolnieniu udał się do Anglii, gdzie przez krótki czas wchodził w skład polskich sił zbrojnych. Ostatecznie w latach 1944-1945 skończył studia medyczne w Edynburgu i uzyskał dyplom w 1946 roku. Wkrótce wrócił do kraju. Swoje losy związał z Kliniką Psychiatrii Collegium Medicum UJ. Na krótko przed śmiercią w 1972 roku został mianowany profesorem tej Katedry.
Został pochowany na Cmentarzu Salwatorskim w Krakowie.
Kępiński był nie tylko lekarzem, naukowcem, ale także myślicielem humanizmu i filozofem. Twórca koncepcji metabolizmu energetyczno-informacyjnego i psychiatrii aksjologicznej.
Jego dorobek naukowy to ponad 140 publikacji i wiele książek z których najbardziej znane to :
- Psychopatologia nerwic
- Lęk
- Rytm życia
- Psychopatie
- Schizofrenia
- Melancholia
- Podstawowe zagadnienia współczesnej psychiatrii
- Poznanie chorego
- Psychopatologia życia codziennego
- Z psychopatologii życia seksualnego