Fujimori wygrał wybory dzięki populistycznemu programowi (ruch "Zmiana 90"), jednak pełniąc obowiązki prezydenta wdrożył radykalny program oszczędnościowy (tzw. Fujishock), który spowodował szybki wzrost gospodarczy. Odszedł od metod demokratycznych, rozwiązując parlament kraju i doprowadzając do nowych wyborów, których wynikiem była nowa konstytucja umożliwiająca mu reelekcję. Udało mu się znacznie ograniczyć działalność lewicowej partyzantki (Świetlisty Szlak i Rewolucyjny Ruch im. Tupaca Amaru), ale opozycja i kręgi międzynarodowe oskarżały go o autokratyzm i łamanie praw człowieka.
17 listopada 2000 roku uciekł do Japonii, gdy pojawiły się oskarżenia o korupcję. Z Japonii przysłał faks ze swoją rezygnacją, ale parlament odrzucił ją i formalnie zdjął Fujimori z urzędu. Do dzisiaj żyje na wygnaniu w Japonii. W 2001 roku prokurator generalny Peru wystąpił z oskarżeniem o ludobójstwo. W marcu 2003 na wniosek rządu peruwiańskiego Interpol wysłał list gończy za Fujimori.